有時單用ACN或MEOH可能會達不到理想的分離效果，在流動相同時使用ACN和MEOH可改變選擇性以獲得較好的分離效果。

簡言之，在改變分離選擇性的時候，甲醇細調，乙腈粗調。主要是為了調整流動相的粘度和強度，使得分離效果和選擇性有所改善。

基于溶劑不同的選擇性，甲醇為類質子溶劑，可形成氫鍵，對于分離酸堿或電負性強的化合物有提高選擇性，乙腈為極性分子，其碳氮三鍵含有未成鍵電子，能與含有空軌道的化合物結合，則與甲醇有著不同的化合物選擇性。

在反相色譜中，你可以把色譜過程想像為流動相中的有機溶劑是從固定相層上把溶質給“萃取”下來的，再聯想“相似相溶原理”，你就能夠理解分離化合物中流動相的種類對分離結果的改變情況了。

乙腈和甲醇分別用同樣的比率與水混合時，乙腈的洗脫能力強。特別是混合比率低時，從咖啡因和苯酚的洗脫來看，獲得同樣的保留時間，乙腈的比率，只需甲醇的比率的一半以下即可。

首先，乙腈價格高，特別是HPLC級的價格很高，但為啥文獻中的條件，多用乙腈呢？

1、吸光度。

乙腈HPLC級吸光度值低。乙腈和甲醇的市銷HPLC級和優級的吸收光譜中，乙腈HPLC吸收最小（特別是在短波長上小）。所謂HPLC級是除去具有吸收UV的雜質，在規定的波長上吸光度限制在規格值以內。在UV檢測時，產生的噪聲小，因此在進行UV短波長上的高靈敏度分析時乙腈HPLC級最適宜。另外，在UV檢測中的梯度基線上也是乙腈HPLC級產生鬼峰少，雖然，其他與水相溶性高的有機溶劑有各種各樣，但很難能找到比乙腈HPLC級吸收更小的。另外，甲醇的HPLC級和優級，雖然所得的光譜相差不大，但是優級不能保證吸光度，有可能產生偏差，價格也相差不大，所以盡量使用HPLC級。

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2、壓力。

根據有機溶劑的種類或混合比率的不同而異，水/乙腈，水/甲醇混合液的比率與輸液壓力的關系中,甲醇與水混合，壓力增高，而乙腈同樣與水混合壓力較低。所以，乙腈在同樣的流速下不在柱內增加多余的壓力。

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3、流動相的脫氣

乙腈類要注意混合溶劑的制備，在流動相瓶內進行時(等濃度系統)，甲醇與水混合時發熱，多余的溶解空氣較易變為脫出氣泡(脫氣容易)；而乙腈由于吸熱冷卻，隨著慢慢回到室溫，產生氣泡，所以要考慮脫氣(加溫攪拌，過濾膜，He脫氣等。

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4、分離(洗脫)的選擇性

乙腈和甲醇在分離的選擇性上不同。由于有機溶劑分子的化學性質(甲醇和乙醇是質子性，乙腈和四氫呋喃是非質子性)不同所致。因此，在用乙腈類不能獲得分離的選擇性，就試用甲醇類看看。

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5、峰形

像水楊酸化合物(在鄰位上具有羧基或甲氧基的苯酚化合物)等，用乙腈類時拖尾嚴重，用甲醇類可抑制。可是，一般情況下，聚合物類反相柱，與硅膠柱相比，更具有峰形寬的傾向，特別是用聚苯乙烯分析柱芳香族化合物時常見。這在流動相使用甲醇時非常明顯，而用乙腈時不明顯。為此，用聚合物類反相用柱時建議采用后者(乙腈類)，這是因為乙腈使凝膠膨潤。

6、洗脫能力

乙腈和甲醇分別用同樣的比率與水混合時，一般情況下，乙腈的洗脫能力強。特別是混合比率低時，從咖啡因和苯酚的洗脫來看，獲得同樣的保留時間，乙腈的比率，只需甲醇的比率的一半以下即可。另一方面，有機溶劑100%或與此極接近時，從胡蘿卜素和膽甾醇來看，常常都是甲醇的洗脫能力強。混合比在50比1等較為特殊時，調制的誤差大，影響保留時間，或平衡化的時間長，乙腈遇到這種情況時，用甲醇的10比1混合代替乙腈，操作方便些。溶劑受溫度影響時，不采用容器定量，而采用重量的方法(考慮比重)，可使混合比的誤差減小。